Cilj koreninskega zdravljenja je odstranitev odmrle zobne pulpe in bakterij iz koreninskega kanala. Kadar se po zdravljenju vnetje ali infekcija nadaljujeta, je potrebna apikotomija (slika 1). Apikotomija je v osnovi kirurška odstranitev vrha korenine (koreninske konice), ki ji sledi postopek ponovne zapolnitve izhoda koreninskega kanala. Če okužene korenine ne zdravimo, se lahko bakterijska okužba razširi iz korenine v okolno kost. Tako nastane kronično bakterijsko žarišče, ki največkrat ne povzroča bolečin, lahko pa vpliva na druge organske sisteme v telesu (npr. na srčne zaklopke, izpadanje las …).
V večini primerov je zob pred odločitvijo za apikotomijo smiselno ponovno koreninsko zdraviti. Z uporabo sodobnih tehnoloških pripomočkov je tudi to mogoče opraviti zelo uspešno (pri več kot 80 odstotkih primerov). Če tudi ponovno koreninsko zdravljenje ni uspešno, zdravljenje zoba nadaljujemo z apikotomijo.
Zobozdravnik s pomočjo tridimenzionalne rentgenske slike (CB CT) naredi načrt apikotomije, ki jo nato izvede v lokalni anesteziji. Pred operacijo po potrebi predpiše antibiotik ali protivnetno zdravilo. Zobozdravnik naredi majhen rez v dlesen in razkrije korenino tako, da odmakne del dlesni. Do korenine dostopi tako, da odvrta okolno kost. Uporaba operativnega mikroskopa omogoča zelo majhno dostopno pot in s tem ohranitev zdrave kosti, kar vpliva na pooperativno celjenje kirurške rane (bolečina, oteklina …). Zobozdravnik s posebej prirejenimi mikrokirurškimi instrumenti odstrani del koreninskega vrha ter vse vnetno okuženo mehko tkivo, izhod koreninskega kanala pa ponovno oblikuje in očisti (slika 2) ter nazadnje zatesni s posebnim materialom (MTA). Na koncu dlesen ponovno zašije na prejšnje mesto (slika 3). Kirurška rana se med procesom celjenja ponovno zapolni s kostjo (slika 4).
Prognoza je v veliki meri odvisna od poznavanja morfologije sistema zobnih kanalov. Da bi bila operacija uspešna, je treba odkriti tudi različne anatomske posebnosti (npr. dodatne koreninske kanale) ter poznati sodobne kirurške tehnike in tehnične pripomočke ter jih tudi znati uporabljati.
Endodontska kirurgija/apikotomija se je v zadnjih letih korenito spremenila. Razvoj kirurškega endodontskega mikroskopa, nove tehnike z uporabo biokompatibilnih materialov in mikrokirurški instrumenti so omogočili endodontskemu kirurgu, da bistveno izboljša prognozo apikotomije. Uspešnost tradicionalnih pristopov je le približno 60-odstotna, medtem ko je uspešnost mikrokirurškega pristopa narasla na več kot 90 odstotkov uspešno zdravljenih primerov. Zaradi zgodovinsko nepredvidljivega izida apikotomije, tradicionalnega pristopa v strokovnem smislu ne moremo več priporočiti kot standardno metodo izbora.
Razloge za povečano uspešnost mikrokirurškega pristopa pripisujemo uporabi tehnoloških pripomočkov; ti so omogočili odkrivanje in zdravljenje bakterijskih niš, ki jih s tradicionalno metodo največkrat ni mogoče odkriti.